Мейн куны отличаются хорошим здоровьем. Однако и у них встречаются заболевания, характерные для породы. Это заболевания суставов, особенно часто они встречаются у европейских мейн кунов. Кроме того, эта порода, имеет повышенную склонность к развитию мочекаменной болезни. Из-за чрезвычайной подвижности мейн кунов, у них, к сожалению, нередки различные травмы, особенно много в условиях города, так как к природным условиям эти кошки прекрасно приспособлены. Роскошная шерсть мейн кунов относит их в группу риска по заражению разнообразными внешними паразитами, а также заболеваниями кожи и соединительной ткани.

Мейн кунам, как и кошкам других пород, очень важно вовремя делать прививки от разнообразных вирусных и инфекционных заболеваний. Любой владелец должен уметь сразу определить у своего питомца признаки таких болезней и принять соответствующие меры.